Sultan Üçüncü Selimin yanında yetişmiş olan Sultan İkinci Mahmud ondan etkilenmiş, padişahlığı döneminde de ıslahatlar yapmanın gerekliliğine inanmıştı. Askeri ve İdari alanda ıslahatlar yapmaya çalışan Sultan İkinci Mahmud, Sekban-ı Cedit adı verilen yeni bir askeri teşkilat kurdu (14 Ekim 1808). Ancak yeniçeriler kendilerine tehlike olabilecek alternatif bir askeri kuvvet istemiyorlardı. Ayaklanarak Sekban-ı Cedit'in kaldırılmasını sağladılar.

Eşkinci adı verilen yeni bir askeri teşkilat kuran Sultan İkinci Mahmud'a karşı yeni bir yeniçeri ayaklanması oldu. Sultan İkinci Mahmud, artık Osmanlı Devleti için kanayan bir yara haline gelen yeniçeri ocaklarını Vaka-i Hayriye adı verilen olayla ortadan kaldırıldı (15 Haziran 1826). Yeniçeri ocağı kaldırıldıktan sonra, onun yerine Asakir-i Mansure-i Muhammediye adı verilen yeni bir askeri teşkilat oluşturuldu.

Yapılan yeniliklerin merkezden uzakta bulunan valiler ve idareciler tarafından da benimsenmesi gerektiğine inan Alemdar Mustafa Paşa, Sultan Mahmud döneminde Ayanlarla Sened-i İttifak'ı imzaladı. Buna göre ayanlar merkeze sadık kalacak ve yenilik hareketlerini destekleyecek, padişahlar da ayanların elde etmiş oldukları hakları tanıyacaktı. Sened-i İttifak ile ayanlar padişahın mutlak otoritesine karşı siyasi bir meşruiyet kazanmış oluyorlardı. Padişah otoritesinin başka herhangi bir güçle ortaklık kabul etmesi mümkün değildi ve Osmanlı idari yapısının hem ruhuna, hem de tabiatına aykırıydı. Bu sebeple zaten ölü doğan Sened-i İttifak çok uzun ömürlü olmadı. Kısa bir süre sonra Sultan İkinci Mahmud, idareyi tamamen eline alarak ayanları bir bir ortadan kaldırarak merkezi otoriteyi güçlendirmeye çalışmıştır.

Sadece askeri alandaki yeniliklerle bir yere varılamayacağını düşünen Sultan İkinci Mahmud, Divan Teşkilatı'nı kaldırarak onun yerine Bakanlıklar (nazırlık) kurdu. 30 Mart 1838'de Sadrazamlık makamına "Başvekalet", Sadrazama "Başvekil" denilmesi kararlaştırıldı. Ölen ya da azledilen devlet memurlarının mallarına el konması anlamına gelen "Müsadere" usulünü kaldırdı. Ayrıca devlete ıslahat hareketlerinde yardımcı olmak, yeni teklifler getirmek, memurların terfi ve yargılanmasıyla uğraşmak üzere Darü'ş Şuray-ı Bab-ı Ali kuruldu.

Sosyal alanda da bazı yenileşme hareketlerine ve ıslahatlara girişen Sultan İkinci Mahmud, 3 Mart 1929'da kıyafet değişikliği hakkında bir ferman yayınlandı. İlk Türk gazetesi Takvim-i Vekayi yayın hayatına başladı (1 Kasım 1831). Medreselerin yanında Avrupalı tarz eğitim veren yeni okullar açıldı ve Avrupa'ya öğrenciler gönderildi.

Posta teşkilatının kurulması ve Karantina uygulaması da yine Sultan İkinci Mahmud döneminde gerçekleştirildi. Avrupalı tüccarlarla rekabet edebilmeleri için Türk tüccarlara gümrük kolaylıkları getirildi. İlk nüfus sayımı yapıldı. Bu sayım sonucunda Anadolu'da 2.500.000'dan fazla, Rumeli'de de 1.500.000 erkek vatandaşın yaşadığı tespit edildi.

Ülke içinde ve dışında yapılacak seyahatlar için, bazı esaslar kabul edildi. Buna göre ülke içinde seyahat yapacak yurttaşlar Mürur Tezkiresi (geçiş belgesi) taşıyacaklar, ülke dışına çıkacak yurttaşlar da Hariciye Nezaretinden (Dış İşleri Bakanlığı) pasaport alacaklardı.