Padişah otağının Üsküdar'a kurulacağı günden bir gün önce Yeniçeriler Süleymaniye'de toplandılar. Ayaklanan yeniçeriler saraya girip bazı devlet adamlarını öldürdüler. Yeniçeri ve sipahileri ikna etmek isteyen Sultan Genç Osman, yeniçeri ağalarını merhamete getirmeye çalıştı. Ancak bunda başarılı olamadı. Yerine kardeşi Sultan Birinci Mustafa ikinci kez tahta çıkarıldı. İsyancılar o an için Sultan Genç Osman'ı öldürülmesini düşünmüyorlardı.

Ancak Sultan Genç Osman'ın ne kadar dirayetli bir padişah olduğunu bilen isyanın elebaşları padişahın Yedikule zindanlarına götürülüp orada öldürülmesini istediler. Sultan Genç Osman sekiz tane cellata kahramanca karşı koymasına rağmen boğularak şehit edildi.

Sultan Genç Osman'ın naaşı, ertesi gün Sultanahmed Camii'nde kılınan cenaze namazından sonra Sultan Ahmed Camii'nde babasının türbesine defnedildi. Sultan Genç Osman'ın şehit edilmesi Anadolu'da bazı isyanların çıkmasına sebep oldu.

Osmanlı halkı padişahın şehit edilmesini hiçbir zaman hazmedemedi. Sultan Genç Osman, gençliğinin en güzel günlerinde tahta çıkmış ve hep milletinin iyiliği için çalışmış, azim ve irade sahibi bir padişahtı. Ancak gençliği ve tecrübesizliği kendisine bu hazin sonu hazırladı.