Sultan Birinci Ahmed tahta geçtiği sırada Avusturya Savaşı devam ediyordu. Osmanlı kuvvetleri Belgrad'dan Budin'e doğru ilerlemekteydi. Peşte (25 Eylül 1604) ve Hatvan kaleleri savaş yapılmadan kolaylıkla ele geçirildi. Osmanlı ordusu ilerleyerek Budin'in kuzeyinde bulunan Vaç kalesini ele geçirdi (16 Ekim 1604). Osmanlı Ordusu, Sultan Birinci Ahmed'in buyruğu üzerine Belgrad üzerinden Budin'e yürünü. 29 Ağustos 1605'de Estergon kalesi kuşatıldı ve Ciğerdelen kalesi fethedildi. 8 Eylül'de Vişigrad, 19 Eylül'de Saint Thomas (Tepedelen) kaleleri fethedildi. 3 Ekim 1605'de ise Estergon kalesi teslim alındı.

Osmanlılar da, Avusturyalılar da ard arda yapılan bunca savaştan dolayı sosyal ve ekonomik yönden çok yıpranmışlardı. Daha önce yapılan barış görüşmelerinden bir sonuç çıkmamıştı. Ancak 11 Kasım 1606'da Estergon-Komorin arasında, Zitva suyunun Tuna Irmağına döküldüğü yerde imzalanan Zitvatoruk antlaşmasıyla barış sağlandı.

Antlaşmaya göre Eğri, Estergon, Kanije kaleleri Osmanlılarda , Rop ve Koman kaleleri Avusturyalılarda kalacaktı. Avusturya bir kereye mahsus olmak üzere 70.000 altın savaş tazminatı ödeyecekti. Osmanlı padişahı Avusturya İmparatoruna Roma İmparatoru (Cesar) ünvanıyla hitap edecek, her üç yılda bir karşılıklı armağanlar gönderilecekti. Avusturya'nın Macaristan için ödemekte olduğu yıllık 30.000 altın vergi kaldırılacaktı.   

Zitvatoruk Antlaşması Osmanlıların lehine gibi görünse de Osmanlı Devleti artık eski gücünde değildi. Bu antlaşma ile Osmanlı Devleti'nin Avusturya karşısındaki kat'î üstünlüğü sona ermiş, siyasi dengeler Osmanlı aleyhine bozulmaya başlamıştır.