24 Ocak 1517'de Kahire alındı. 4 Şubat 1517'de Yavuz büyük bir törenle Kahire'ye girdi ve Mısır Memlükleri'ne bağlı Abbasi halifeliğine son verdi. Yakalanan Tumanbay idam edildi.

Mısır Seferi sonunda Suriye, Filistin ve Mısır Osmanlı hakimiyetine girdi. Ayrıca Hicaz ve yöresi de Osmanlı topraklarına katıldı. Doğu ticaret yolları tamamen Osmanlıların eline geçti. Elde edilen ganimetler ve alınan vergilerle Osmanlı Hazinesi doldu.

6 Temmuz 1517'de Emanet-i Mukaddese (Mukaddes Emanetler) denilen ve aralarında Hz.Muhammed'in (S.A.V) hırkası, dişi, sancağı ve kılıcı da bulunan eşyaları, Hicaz'dan Yavuz Sultan Selim'e gönderildi. 29 Ağustos 1516'da Hilafet Abbasi soyundan Osmanlı Soyuna geçti.

Yavuz Sultan Selim, Ayasofya Camii'nde yapılan bir törenle, son Abbasi halifesi Üçüncü Mütevekkil'den (kendi deyimiyle Hadim-i Haremeyn-i Şerifeyn) Haremeyn-i Şerifeyn, yani Mekke ve Medine'nin hizmetkarı ünvanını devraldı ve böylece bütün Müslümanlar'ın dini ve siyasi lideri oldu.

Rivayete göre, Üçüncü Mütevekkil kürsüye çıkıp, Halifeliği Osmanlı Padişahı Sultan Selim Han'a devrettiğini açıkladı. Sırtındaki cübbeyi Yavuz'a elleriyle giydirdi. Halifelik nişanlarından sayılan kılıcı elleriyle Yavuz'un beline bağladı. Yavuz Sultan Selim, o andan itibaren Müslümanlar'ın dini ve dünyevi lideri oldu. Artık yalnız padişah olarak değil, "halife" olarak da anılacaktı ve ondan sonra gelen tüm padişahlar da aynı zamanda halife olacaklardı.

Yavuz Sultan Selim, tahtı devraldığında 2.375.000 km.kare olan Osmanlı topraklarını sekiz yıl gibi kısa bir sürede 6.557.000 km.kareye çıkarmayı başardı. Devletin gelişmesi için de bir çok faaliyeti oldu. Çok düzenli çalışan bir casus teşkilatı vardı. Bu sayede ülke içinden ve dışından istediği bilgileri alan Yavuz Sultan Selim'in adam seçiminde büyük bir isabet yeteneği vardı.