İstanbul'un alınmasıyla ekonomik alanda en çok zarar gören devlet Venedik olmuştu. Fatih Sultan Mehmed zamanında kendilerine kapitülasyonlar verilmiş ve bu sayede Haçlı birliğinden ayrılmışlardı. Fakat Venedik her zaman için Osmanlı aleyhtarı bir politika izleyerek, zaman zaman Mora halkını kışkırtıyordu. Sultan İkinci Bayezid bu sorunu kökünden çözmeye ve Venediklilerin ellerinde kalan yerleri de almaya karar verdi.

  Karadan ve denizden yapılan kuşatmayla İnebahtı (1499), ardından Moron, Koron ve Navarin kaleleri ele geçirildi. Yunan adalarının da fethedilmesi üzerine, Osmanlılarla başa çıkamayacağını anlayan Venedikliler barış istediler. Yapılan barış antlaşmaları sonunda, Osmanlı'nın fethettiği yerler tekrar Venediklilere verildi.